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分公司是总公司的分支机构，法律上并非完全独立的法律主体，那么经营上是不是相对独立的经营主体呢？实务中可能有两种情况：
第一种情况，分公司只承担某一项经营职能，如仓储、营销等单一职能，而不是全面从事经营活动的分支机构。
第二种情况，分公司独立从事经营活动，通常承担某一区域或者某一类型业务的经营活动，但即便如此，分公司也不是独立的法律主体，不具有独立承担民事权利和民事义务的能力。因此严格来讲，不能够独立对外签署协议，应由总公司签署协议，交由分公司负责实施。但实务中也出现诸多分公司直接签署协议的情况，建议拿到总部授权签署协议的手续。
财务核算为业务活动服务，因此是独立核算还是非独立核算其实要看分支机构对于业务活动的职能。
严格来讲，上文中第一种情况的分公司只是总公司某一个职能部门的延伸，并不从事独立经营活动，因此也没有自己的经营活动收入，无法独立核算，通常采用非独立核算，由总公司统一建账，统一核算即可；
第二种情况的分公司相对独立从事完整经营活动，有收入，有对应的成本费用，从内部管理的角度也自然应当独立核算， 这样需要单独建账，单独开设分公司账户。
独立核算分公司应单独交纳增值税，同时所得税按照税法规定汇总缴纳，但如果是跨省分公司会涉及分公司本地预交所得税的情况。
非独立核算分公司如果没有完整经营活动，自然没有收入，不涉及增值税和所得税问题，只需要将所花费成本并入总部核算即可。但实务中税务机关通常认为既然已经设立了分公司，就是从事经营活动，就必须办理税务登记，同样也必须按照税法规定正常申报纳税。具体规定详见《国家税务总局关于完善税务登记管理若干问题的通知》（国税发【2006】37号）。这给企业带来了巨大困扰，使得实务中非独立核算分公司变得非常尴尬。
再延伸一下来讲，如果是不独立从事经营活动的特殊机构比如异地设立的办事处，是否可以不办理工商登记？这个问题实务中依然争议很大，市场监管总局最新的答复是：根据《公司法》、《公司法登记管理条例》，公司在其住所以外从事经营活动，应当成立分公司，分公司不具有法人资格。办事处无需办理营业执照。
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