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自然人作为投资人的个人独资企业可以作为有限公司的股东，但齐精智律师提示个人独资企业作为有限公司股东在法律、财务、税务上均没有比自然人直接作为股东的优势。
本文不惴浅陋剖，分析如下：
一、自然人设立个人独资企业作为有限公司股东，该自然人可能要为有限公司承担连带法律责任。
《个人独资企业法》第十八条 ：个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
二、自然人设立个人独资企业作为有限公司股东，转让其在有限公司的股权的，不用事先取得完税凭证。
1、企业自然人股东发生股权转让行为的，在向市场主体登记机关申请办理相关变更登记前，股权转让个人所得税的扣缴义务人、纳税人应先到税务机关办理个人所得税纳税申报。
2、企业自然人股东转让股权办理变更登记时，市场主体登记机关应当查验与该股权交易相关的个人所得税完税凭证，并依法办理变更登记。因此，企业自然人股东不包括个人独资企业以及合伙企业。
三、自然人通过多家个人独资企业投资多家公司的财务风险。
1、《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》
投资者兴办两个或两个以上个人独资企业的，个人独资企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。
2、《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》
企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度所得不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
3、自然人通过个人独资作为公司的股东，个人独资企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税，自然人按照20%缴纳个人所得税。个人独资企业将公司的股权转让所得，由个人独资企业的合伙人缴纳个人所得税，自然人按照经营所得5%-35%缴纳个人所得税。
个人独资企业的投资人作为自然人，不同个人独资企业需分别计算缴纳个税。也就是说：对两家盈利的个人独资企业，你“应得”的红利，还是需要按“利息、股息、红利”申报缴纳个税。
你当年投资结果是微亏，依然得缴纳个税。因为根据《个人所得税法》的规定，经营所得和利息、股息、红利所得依照本法规定分别计算个人所得税。并非计入综合所得，按纳税年度合并计算个人所得税。
四、自然人设立个人独资企业作为有限公司股东，转让其在有限公司的股权的，该自然人按照经营所得计缴个税。
1、《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》(国税发〔2011〕50号)第二条第三款第二项规定：“对个人独资企业和合伙企业从事股权(票)、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。”
2、 个人独资企业 (以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
3、个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。适用比例税率，税率为20%。
4、根据财税[2000]91号文件规定：对个人独资、合伙企业生产经营所得已经按照“个体工商户生产经营所得”项目计征了投资者的个人所得税，个人独资、合伙企业分配税后利润不需要再缴纳个人所得税。
综上，齐精智律师不建议投资人设立个人独资企业成为有限公司的股东。
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