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既然有两个不同的称呼，“合同”与“协议”就肯定不是一回事儿。
从本质上讲，两者都是民事主体间意思表示一致后所形成的书面成果。但彼此还是有着明显的区别。
首先，从使用范围上看：“合同”仅使用在财产性民事法律关系，民法典合同编中提到的二十类典型合同均是涉及到的民事主体之间财产权益的。而“协议”不仅使用于财产性民事法律关系，也使用于人身性民事法律关系，比如：婚姻、继承、收养等。简而言之，在买卖关系中，既可以签订“买卖合同”也可以签订“买卖协议”。但在婚姻关系中，只能签订“婚内财产协议”或“离婚协议”，而不能签订“婚内财产合同”或“离婚合同”。同时，在仲裁及诉讼程序中，当事人之间达成的也往往是“和解协议”或“调解协议”，而非“和解合同”或“调解合同”。可见，“协议”的使用范围要大于“合同”，两者之间是包含与被包含的关系。
其次，从法律适用上看：“合同”仅受民法典中总则篇和合同篇相关规定的调整。但涉及到人身关系的“协议”主要是根据其性质受到民法典中婚姻家庭篇、继承篇或其他篇的调整，仅在其他篇没有明确规定的情况下，才会最终适用合同篇中的相关规定。
相关法条：
《中华人民共和国民法典》
婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
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