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根据旧的《土地登记办法》的规定，只有存在以下三种情况时，国土资源部门才能依职权去办理注销登记。一是依法收回国有土地使用权，也就是说国有土地使用权经过区县级行政主体批准收回，批准文件生效时候，如果当事人为未注销的，土地登记主管部门可以依职权注销。
《土地登记办法》
第五十条 有下列情形之一的，可直接办理注销登记：
（一）依法收回的国有土地；
（二）依法征收的农民集体土地；
（三）因人民法院、仲裁机构的生效法律文书致使原土地权利消灭，当事人未办理注销登记的。
二是依法征收农民集体土地。征收农民集体土地需要根据《土地管理法》的规定，经省级以上行政主体批准征收。批准文件生效之后，原土地所有权人可以去办理注销土地的手续。如果原土地所有权人未办理注销登记的，土地管理部门可以依职权进行注销。
三是因法院、仲裁机构生效的案例文书致使原土地使用权灭失的。也就是说通过法院判决生效的，将原来的土地使用权人的所使用的土地判给其他人的这种情况。
如果存在这以上三种情况，征收国有土地、征收集体土地和法院生效的判决文书，依据这种情况下原土地使用权灭失的，当事人未办理注销登记的，土地主管部门可以直接办理注销登记。
根据《土地登记办法》第五十八条的规定，国土资源行政主管部门如果发现土地登记记载的事项有错误的，应当报主管部门批准后进行更正登记。所以如果发现土地登记与实际情况存在不服的情况下，应当报批更正登记，办理更正登记之后，原来不相符的土地证进行注销，办理注销手续，并且通知当事人在规定的期限内换证，更换证注销原来的土地使用权证书。
当事人逾期不办理的，国土部门报经主管部门批准并公告后原土地证书作废、废止，所以根据这个规定，如果土地证与实际情况不相符的，应当是通知其办理变更手续。
《土地登记办法》第五十八条 国土资源行政主管部门发现土地登记簿记载的事项确有错误的，应当报经人民政府批准后进行更正登记，并书面通知当事人在规定期限内办理更换或者注销原土地权利证书的手续。当事人逾期不办理的，国土资源行政主管部门报经人民政府批准并公告后，原土地权利证书废止。
更正登记涉及土地权利归属的，应当对更正登记结果进行公告。
如果土地使用权没有灭失，也就不会存在注销的行为，所以行政机关不能够以注销的方式来侵犯土地使用权。尤其是在征收过程中如果权利没有灭失的情况下，是不能够进行土地的注销行为的，而且在其他的情况下也会发生类似的这种情况，土地使用权仅仅是登记和实际的情况不符的，要进行变更而不是注销。
注：《土地登记办法》（已于2018年2月1日废止）
本文法律知识并不代表其法律建议，如遇同类问题应当具体分析。
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