不会留下案底。
申请劳动仲裁，劳动机关会保存相关的档案。
所谓的案底，是司法机关处罚的档案，不包括劳动机关的仲裁档案。
根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者对仲裁裁决不服，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。具体你可以直接在法定期限内到人民法院起诉立案即可，需提交起诉状、劳动仲裁裁决书及身份证明等材料，缴纳诉讼费用。可以全权委托律师代理。
单位只签了一份合同，没有给员工，属于违法行为，给员工造成损失的，要承担赔偿责任。
单位没给员工缴纳保险，也属于违法行为，员工可以要求单位给补交社保，员工据此提出离职的，单位需要支付给员工补偿金。
员工可以通过向社保稽核、劳动监察投诉，来维护自己的权益。
下面由职聊社保，为您详细分析。
一、为什么劳动合同没给员工属于违法行为呢？1.根据劳动合同法，第十六条，劳动合同由用人单位与员工协商一致，并由用人单位与员工在劳动合同文本上盖章或者签字才能生效。劳动合同文本由员工与用人单位各执一份。
2.根据劳动合同法，第八十一条，用人单位未将劳动合同文本交付给劳动者的，由劳动行政部门责令改正，给劳动者造成损失的，由用人单位承担赔偿责任。
小结，劳动合同是证明用人单位与劳动者存在劳动关系的最有力的证明，劳动合同文本必须给劳动者一份，用人单位未给劳动者的，可以去劳动部门投诉，据此给劳动者造成损失的，用人单位需要承担赔偿责任。
比如劳动合同只有一份，由企业保管，未给员工，如果企业私自在劳动合同上添加不利于劳动者的条款，劳动者不知晓的，由此给劳动者带来损失的，可以向劳动部门投诉，确认其私自添加的劳动合同内容为无效。
二、用人单位未给员工缴纳社保，属于违法行为1.根据社会保险法，第五十八条用人单位应当自用工之日起三十日内为员工缴纳社保。
用人单位给员工缴纳是用人单位的法定义务，不以任何形式而免责。不给员工缴社保，给员工发放社保补贴也是不允许的。
三、用人单位未给员工缴纳社保，员工应该怎么维护自己的合法权益？1.去劳动监察部门投诉，要求用人单位补交社保。补交期间产生的滞纳金由用人单位承担，个人承担个人部分。
2.根据劳动合同法，第三十八条，用人单位要及时足额给劳动者缴纳社保。
3.用人单位未给员工缴纳，员工据此提出离职的，可以要求用人单位支付补偿金。按照每干满一年支付一个月工资的标准向员工支付。（本工资指的是员工解除合同前12个月的平均工资）
小结，用人单位未给员工缴纳社保的，员工可以要求用人单位补足，并且据此，员工提出离职的，要求用人单位补足社保的同时，要求用人单位支付补偿金。
写在最后的话单位只签了一份合同，未给员工，也未给员工缴纳社保，都属于违法行为，侵害了劳动者的合法权益。劳动者可以先用用人单位协商，协商是最简单直接的办法。如果协商不成，可以向劳动监察部门投诉，合理合法的来维护自己的合法权益。
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根据题主描述，在工作时间出车祸，依法应当属于工伤，由于没有过多描述，在此提醒一下题主，劳动法规定的构成工伤的要件是，工作时间、工作地点、为了执行工作任务而受到的意外伤害。
申请劳动仲裁的条件之一就是证明你与用人单位之间存在劳动关系，所以有其他可以证明劳动关系存在的证据就可以，比如工资条、工作证之类；
还有。微信聊天记录截图保存，并且保留原始载体（手机）；对方备注的身份一定要明确，是某某公司某某人，这样便于举证；对方在劳动者受伤期间以不发工资作为威胁已经侵害劳动者权利，完全可以作为对方不利的证据提交。
具备以上条件的话，申请劳动仲裁是完全可以的。
如果申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以按撤回仲裁申请处理，申请人重新申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。如果是被申请人收到书面通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以缺席裁决。这个时候的裁决结果是有法律效力的。但是缺席一方可以向法院起诉。
法律依据：《中华人民共和国劳动人事争议仲裁办案规则》第三十九条申请人收到书面开庭通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，可以按撤回仲裁申请处理；申请人重新申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。被申请人收到书面开庭通知，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，仲裁庭可以继续开庭审理，并缺席裁决。
快乐关羊回答此问题。
申请劳动仲裁没有证明怎么办？
工作中因单位解除中止劳动合同，而员工因为单位的处理违背合同规定不合法理，需要向单位讨公道，讨回工资或者补偿等，就需要向当地劳动监察大队投诉，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
申请仲裁需要提供劳动仲裁书面申请书2份；提交证据清单和相应的证据材料劳动合同、解除或中止劳动合同的证明、身份证(复印件2份)。
关于工作的单位在解除劳动合同时拒不出具证明，根据《劳动合同法》第50条规定：用人单位应当在解除劳动关系或者中止劳动合同时，给劳动者出具解除或者终止劳动合同的证明……劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定向劳动者支付经济补偿的，在办理工作交接时支付……用人单位对已解除或者中止劳动合同的文本，至少保存2年备查。
《劳动合同法》第89条规定：用人单位违反本法规定未向劳动者出具解除或者中止劳动合同的证明，由劳动行政部门责令改正，给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者离职，用人单位应依法出具证明，申请劳动仲裁有劳动合同，劳动者可依法到原单位要求出具证明，如原单位拒不出具证明，劳动者可向劳动监察大队进行投诉，由劳动监察大队出面要求责令原用人的单位改正。依法正当索取证明材料，也可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，证明你们的劳动关系。
总之，付出得有回报，正当的回报依法追索，千万不要鲁莽行事，违法讨要，最后得到的是事与愿违。祝顺利讨回公道。
供参考，希望对你有所帮助！
企业应对劳动仲裁 企业应对劳动仲裁不执行
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